湖贝站设于深圳市罗湖区深南东路与湖贝路之间、湖润大厦与罗湖商务中心之间的绿化小公园内，呈东西走向。受区间线路埋深影响，车站为地下四层叠线侧式站台车站，全长151.2m，标准段宽13.05m，车站底板埋深达28.89m。基底位于断层泥、黏土层、全～微风化凝灰质粉砂岩地层上,岩性起伏较大，同时断裂带在车站西端经过。车站环控机房集中布置，共用一个环控机房，一组新排风亭。车站两端盾构吊出采用金属支架代替结构中板，缩短施工工期。