机场线南京南站位于高铁南京南站北广场地下，是南京地铁机场线起点站。该站可在高铁南京南站房下与运营中的1号线、在建3号线、宁和城际线实现站内换。其中1、3号线在高铁主站房下以双岛平行站厅换乘，机场线、宁和城际线在北广场下以站台一岛两侧平行站厅换乘，均为地下两层（局部三层），1、3号线与机场线、宁和城际线之间通过地下一层站厅换乘通道进行。